2002年政府宣布对现有药品定价制度进行全面改革，而这就是至今都在沿用的平成十四（2002年）年定价基准制度。后来这也被视为复兴医药改革的开始。2002年的新药定价机制与1991年最大的区别，是首次对药物创新性进行分层管理。对 FIC(Firt in class,独创新药）、Me-better和Me-too三类药物都给出了清晰的定价指引，这就是日本至今都在使用的三类比价法。

这套模式最大的意义在于让创新药的价格回归实际临床价值，从源头遏制住企业的投机心理。改革后大型药企纷纷转向研发独创性新药。

在2002年，即新药定价改革实施的当年，政府同时宣布对仿制药的价格竞争机制进行全面改革。当年厚生省提出仿制药与原研药跟随定价策略，此后仿制药不再实施低价优先的中标策略，而是按照原研药价格乘以固定百分比，进行跟随定价调整。后来日本社会将这套制度称为仿制药同价竞争体系。就是将所有针对该适应症的仿制药都按照同一种价格进行销售。具体做法上，此后无论市面上有多少款同类仿制药，其价格都按照原研药的60%进行定价。这套机制除了稳定仿制药的利润以外，更重要的是将行业发展生态向品质竞争引导。这种竞争机制会迫使企业更加重视药品的质量管理。

新药和仿制药定价改革的核心就是从制度上重新构建了日本药企的盈利体系。由于企业获取盈利的导向被完全重塑，90年代Me-too药物狂潮和仿制药恶性竞争的顽疾被成功瓦解。这也是为何定价改革被称为日本医药产业从低谷走向复兴的关键转折点，因为其本质是一场制度的重构，亦或说是通过制度的力量重新塑造了良性的经营价值观。

日本21世纪医药行业那场最残酷的改革，也就是那场血腥的药企出清浪潮。

2003年2月伴随着定价改革制度的出台，厚生劳动省发布制药业愿景计划，后来这也被视为医药兼并重组浪潮启动的信号。厚生省提出未来日本只有三类药企可以获得政策扶持，他们分别是巨型药企、高研发药企与家庭常用药企，其中家庭常用药企也就是我们现在俗称的OTC。

至2010年，全国药企数量减少70%，其中消失的绝大多数都是中小型的仿制药和新药研发企业。从业人数到了2007年就已经从21万下降到14万，相当于4年时间全国减少了35％的医药从业者。由于这场兼并浪潮来得过于剧烈，当时一度出现了整个医药行业群体性的失业潮。这次兼并重组浪潮中消失的企业数量与从业者，却几乎达到了90年代的2倍。

失业人数众多后来也成为这场行业出清中最被人诟病的一点。那么为何政府要在定价政策出台以后马上就启动如此严酷的行业出清？这是因为90年代的种种医药乱象表面上是因为药企的利润不足，但深层次原因是过剩药企的互相倾轧。

可以说2002年开始的这场兼并重组浪潮，既是市场倒逼的结果，也是行业升级的必然选择。自此药企间残酷的价格战销声匿迹，日本医药市场正式进入超级药企寡头的时代。正是这轮行业出清，为日本医药产业的复兴打下了坚实的基础。

2006年，厚生劳动省宣布大幅度加强药剂师的从业门槛。日本药学的学制从四年上升至六年，并且加入大量临床学习课程。同时提高药剂师的地位和待遇，改革后药剂师提升至与医生地位等同，即所谓的第二医生。这套制度的建立就是为了弥补医药领域出现的种种不信任问题。

第二医生体系就是在医生与患者之间加入润滑剂。药剂师在配药前会仔细审核医生的处方，对照患者的病历和检验数据，判断处方的合理性。如果发现问题，他们会及时与医生沟通，调整处方，从而确保患者用药的安全性和有效性。这套制度最大的作用，就是在原有的医生与患者之间建立一座新的沟通桥梁。同时政府将仿制药与原研药的选择权利也一同交给药剂师，通过指导患者根据自身经济状况选择服用仿制药还是原研药，最大限度地保证了用药自主权和经济负担的平衡。政府对药剂师进行一定的仿制药补贴，如果患者使用仿制药，药剂师便能获得一部分收入。这种模式不仅有助于降低患者的医疗费用，还能促进仿制药的合理使用，推动仿制药替代战略的顺利推广。

这套制度最根本的作用就是与后文所说的社区养老制度充分融合，同时还最大限度地防止了过度医药现象。药剂师成为社区医疗的重要组成部分，通过固定药店制度与患者建立长期联系，既能提供持续的用药指导，又可以提供长期的健康管理服务，大幅减少了前往医院的频率，为社会节约了宝贵的医疗资源。

可以说通过药剂师制度，日本社会打通了医生、患者、医药、社区养老、私立医疗等过去所有封闭的场景，而这也是药剂师在日本被称为第二医生的重要原因。